Durante el periodo en que se llevaba a cabo la evangelización por parte de los misioneros españoles a los pueblos indígenas del centro de México, fueron construidas las Misiones Franciscanas de la Sierra Gorda de Querétaro, la construcción se le atribuye al fraile franciscano de origen español, Fray Junípero Serra. Estas cinco misiones fueron erigidas entre 1750 y 1767, y simbolizan la última fase de evangelización en México.
La más antigua de estas edificaciones es Santiago de Jalpan que junto con la de Nuestra Señora de la Luz de Tancoyol están ubicadas en el municipio de Jalpan de Sierra. En el municipio de Landa de Matamoros están Santa María del Agua de Landa y San Francisco del Valle de Tilaco. La misión de San Miguel Concá se encuentra en el municipio de Arroyo Seco.
En 2003 la UNESCO las reconoció como Patrimonio Cultural de la Humanidad por ser un testigo viviente del resultado de la coexistencia cultural entre dos diferentes grupos sociales extremadamente diferentes, que en algún punto lograron aproximarse, gracias al intercambio de cultura, valores e influencias. Está fusión quedó manifestada en las iglesias de estilo barroco, que con los decorados y los elementos iconográficos de las fachadas de las edificaciones dan fe a la originalidad y diversidad que conjugaron los misioneros con los indígenas.
Su posición en el sistema montañoso de la Sierra Gorda genera una interacción del paisaje entre los elementos naturales y los construidos. La arquitectura de las misiones está constituido de acuerdo al patrón general de las iglesias de la época, con atrio, una entrada sacramental, una capilla abierta, capillas procesionales y un claustro.
Hoy en día Las Misiones Franciscanas de Querétaro conservan su estructura original y aún se mantienen como centros religiosos. También funcionan como espacios culturales que permiten la reproducción y continuidad de tradiciones de la cultura de sus habitantes.