El agua era uno de los elementos esenciales en la cultura maya; por ello los cenotes se volvieron tan importantes
Su nombre en maya, d’zonot, significa caverna con agua. Aunque eran la fuente principal de este líquido para sus pueblos; los cenotes se consideraban, en su mayoría, como una entrada al inframundo.
Para los mayas, un cenote significaba vida y muerte; pues sin el agua que proveían, sus pueblos no podían sobrevivir. Sin embargo, al ser subterráneos, se relacionaban con la entrada a Xibalbá, el mundo de los muertos.
En ocasiones, se creía que los dioses del agua o de la lluvia los habitaban. Por lo mismo, comenzaron a ser un símbolo de poder: si un pueblo se asentaba en un sitio con varios cenotes, sería más poderoso que el que solo tenía uno o ninguno en sus tierras. Así, el descubrimiento de ellos ocasionaba que las relaciones entre los pueblos cambiaran. También solían efectuarse sacrificios en algunos de ellos, los cenotes sagrados, en los que se arrojaba a personas junto con objetos valiosos y ofrendas para los dioses. Estos últimos no podían ser usados para abastecer de agua a los habitantes.
Existen diferentes tipos de cenotes. Los más antiguos son los abiertos, pues después de muchísimos años, la piedra porosa que los cubre se desgasta y se rompe; lo que deja un hueco que da al exterior. Asimismo podemos encontrar cenotes semiabiertos; que se hallan a mitad de este proceso, y cenotes subterráneos o de caverna. Estos últimos serían los más jóvenes, de más reciente formación.
La flora y la fauna que los habita depende de diversos factores; entre ellos, la distancia que exista hasta la costa y el tipo de cenote del que se trate, pues la luz es una cuestión importante. Por ejemplo, en los de tipo abierto se suelen hallar peces guppy y bagres, que se cree que llegaron a estos sitios como efecto de los huracanes. En cambio, en los cerrados o de caverna tenemos a la dama blanca ciega o a la anguila ciega yucateca. Como el nombre de ambas especies lo indica, estas pueden sobrevivir perfectamente en un ecosistema que permanece en la oscuridad; aunque ambas se hallan en peligro de extinción.
La zona que rodea a los cenotes también suele estar llena de seres vivos. Iguanas, mariposas y tortugas suelen hallar un hogar en los sitios que se encuentran cerca de estas formaciones. Los pájaros Toh son conocidos en la región como las aves de los cenotes.
Hoy en día, debido a su importancia histórica, los cenotes atraen una gran cantidad de turistas. Asimismo, con los objetos mayas que se arrojaron al fondo y la posibilidad de hallarlos; muchos arqueólogos han viajado a esta región, originando el buceo arqueológico.
A pesar de los esfuerzos de los habitantes y las autoridades, los visitantes comenzaron a contaminar estos cuerpos de agua; causando no solo un daño al patrimonio histórico que contienen y representa, sino también dañando a las especies que los habitan. Por ello, al visitar los cenotes, es importante seguir las indicaciones y recomendaciones de higiene, cuidado y seguridad.